Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 CACNA1A-253ENST00000637927 6847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS53Q5VIR6 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms