Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
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CHD3Q12873 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CHD3Q12873 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
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