Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC39Q9UFE4 OGFR-201ENST00000290291 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 RARA-206ENST00000425707 3041 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 COQ8A-201ENST00000366777 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 CBSL-202ENST00000617706 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 ELN-207ENST00000380562 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 SCUBE2-202ENST00000450649 2912 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 AL162311.3-201ENST00000555918 2867 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 RPH3AL-222ENST00000618002 2578 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.9 ms