Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TRERF1Q96PN7 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TRERF1Q96PN7 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TRERF1Q96PN7 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TRERF1Q96PN7 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TRERF1Q96PN7 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TRERF1Q96PN7 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TRERF1Q96PN7 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TRERF1Q96PN7 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TRERF1Q96PN7 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TRERF1Q96PN7 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TRERF1Q96PN7 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TRERF1Q96PN7 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TRERF1Q96PN7 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TRERF1Q96PN7 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TRERF1Q96PN7 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
TRERF1Q96PN7 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.6 ms