Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 BEND4-202ENST00000504360 8692 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD3Q12873 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC15.67■□□□□ 0.1
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