Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 GSTZ1-207ENST00000553586 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 LSM12-202ENST00000585388 942 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 RWDD3-201ENST00000263893 1078 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 SNCA-205ENST00000394991 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 TMEM161B-AS1-202ENST00000501715 1101 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AQP12B-206ENST00000621682 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 RAD51D-205ENST00000460118 1064 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 TMEM176B-206ENST00000492607 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AC124067.2-201ENST00000521989 510 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 LMO7-AS1-202ENST00000568735 467 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AJ011932.1-201ENST00000621707 465 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 SFTPC-210ENST00000524255 681 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AP006333.1-201ENST00000543817 575 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 MRPL2-201ENST00000230413 899 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AC244107.1-201ENST00000442033 332 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 HFE2-204ENST00000475797 1381 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms