Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 HMGCLL1-202ENST00000308161 1314 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 CEMP1-201ENST00000565480 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 MIR1199-201ENST00000621445 119 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC24.72■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 PON3-203ENST00000427422 894 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 CFL1-202ENST00000524553 860 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 SNHG9-202ENST00000564014 471 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 LMCD1-204ENST00000426878 1431 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 DEPTOR-203ENST00000523492 1397 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC24.7■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
NPHP3Q7Z494 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
NPHP3Q7Z494 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
NPHP3Q7Z494 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
NPHP3Q7Z494 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
NPHP3Q7Z494 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
NPHP3Q7Z494 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
NPHP3Q7Z494 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
NPHP3Q7Z494 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
NPHP3Q7Z494 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
NPHP3Q7Z494 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
NPHP3Q7Z494 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
NPHP3Q7Z494 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
NPHP3Q7Z494 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
NPHP3Q7Z494 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
NPHP3Q7Z494 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
NPHP3Q7Z494 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
NPHP3Q7Z494 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC24.7■■□□□ 1.54
NPHP3Q7Z494 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
NPHP3Q7Z494 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
NPHP3Q7Z494 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms