Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
SDC1P18827 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
SDC1P18827 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
SDC1P18827 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
SDC1P18827 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC17.46■□□□□ 0.39
SDC1P18827 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
SDC1P18827 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
SDC1P18827 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
SDC1P18827 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
SDC1P18827 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
SDC1P18827 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
SDC1P18827 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
SDC1P18827 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
SDC1P18827 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC17.46■□□□□ 0.39
SDC1P18827 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
SDC1P18827 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
SDC1P18827 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
SDC1P18827 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
SDC1P18827 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
SDC1P18827 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
SDC1P18827 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
SDC1P18827 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.38
SDC1P18827 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
SDC1P18827 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
SDC1P18827 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
SDC1P18827 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
SDC1P18827 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
SDC1P18827 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
SDC1P18827 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SDC1P18827 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
SDC1P18827 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
SDC1P18827 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SDC1P18827 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
SDC1P18827 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
SDC1P18827 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
SDC1P18827 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
SDC1P18827 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
SDC1P18827 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
SDC1P18827 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SDC1P18827 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.3 ms