Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS28Q9UK41 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.2 ms