Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 ADAMTS16-201ENST00000274181 4979 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 OR6D1P-203ENST00000641209 4860 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 CACNA1G-206ENST00000416767 4899 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 NFATC4-231ENST00000557451 5613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 AMMECR1-201ENST00000262844 5504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 MAP4K4-205ENST00000350878 7640 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
KLHL28Q9NXS3 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 FCGBP-203ENST00000620799 4926 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
KLHL28Q9NXS3 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms