Protein–RNA interactions for Protein: Q8IWP9

CCDC28A, Coiled-coil domain-containing protein 28A, humanhuman

Predictions only

Length 274 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28AQ8IWP9 LENG8-208ENST00000610347 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 CLDN14-204ENST00000399137 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 CKAP4-201ENST00000378026 3093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 RNF168-201ENST00000318037 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 WASHC2C-209ENST00000540872 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 MAP7D1-203ENST00000373150 3238 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 TMEM184A-201ENST00000297477 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 PDE1C-202ENST00000396182 2420 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 ACSS2-202ENST00000360596 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 EZR-202ENST00000367075 3096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 AHDC1-201ENST00000247087 6334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 EIF2AK4-201ENST00000263791 5499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 TNIP1-202ENST00000389378 2935 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 LRP8-202ENST00000347547 2382 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 CNOT8-204ENST00000517876 2708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 NAA50-201ENST00000240922 6135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 IRGQ-201ENST00000422989 9685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 TSSC2-204ENST00000529482 2337 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC28AQ8IWP9 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 NOMO1-207ENST00000610363 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 ABLIM2-203ENST00000361737 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 MPPE1-211ENST00000588072 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 SPATS2L-202ENST00000360760 2119 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 ARHGEF25-208ENST00000616622 2103 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 MADCAM1-204ENST00000587541 1723 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 COG3-201ENST00000349995 4498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 VLDLR-202ENST00000382099 3240 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 ZIC5-201ENST00000267294 4639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 IER5-201ENST00000367577 4188 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 LIMS2-208ENST00000410011 2335 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 SEMA3B-213ENST00000618865 2925 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 PPP6R1-203ENST00000587283 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 ACTG1-208ENST00000575087 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 TGFBR2-201ENST00000295754 4621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 RASA4-204ENST00000462172 2634 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 PAQR6-204ENST00000356983 2143 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 CHSY3-201ENST00000305031 3850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 CD55-204ENST00000367064 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 RRBP1-204ENST00000377813 5041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 PCDHGA11-202ENST00000518882 2263 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC28AQ8IWP9 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.2 ms