Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
MSX1P28360 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
MSX1P28360 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
MSX1P28360 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
MSX1P28360 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
MSX1P28360 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
MSX1P28360 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
MSX1P28360 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
MSX1P28360 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
MSX1P28360 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
MSX1P28360 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
MSX1P28360 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
MSX1P28360 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
MSX1P28360 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
MSX1P28360 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 REPS2-201ENST00000303843 7771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 AHSA2-202ENST00000394457 6574 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 MRC2-201ENST00000303375 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
MSX1P28360 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
MSX1P28360 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
MSX1P28360 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
MSX1P28360 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
MSX1P28360 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
MSX1P28360 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
MSX1P28360 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
MSX1P28360 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
MSX1P28360 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
MSX1P28360 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
MSX1P28360 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
MSX1P28360 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
MSX1P28360 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
MSX1P28360 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
MSX1P28360 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
MSX1P28360 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
MSX1P28360 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
MSX1P28360 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
MSX1P28360 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
MSX1P28360 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
MSX1P28360 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
MSX1P28360 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
MSX1P28360 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
MSX1P28360 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms