Protein–RNA interactions for Protein: Q96K76

USP47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, humanhuman

Predictions only

Length 1,375 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP47Q96K76 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC25.7■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71
USP47Q96K76 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP47Q96K76 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms