Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 AGTRAP-205ENST00000400895 786 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 DPY30-201ENST00000295066 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 DPY30-202ENST00000342166 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 C21orf33-205ENST00000427803 1077 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 IRAK3-202ENST00000457197 1853 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 AP002414.3-201ENST00000589352 1468 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms