Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.79
SMARCAL1Q9NZC9 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
SMARCAL1Q9NZC9 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
SMARCAL1Q9NZC9 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
SMARCAL1Q9NZC9 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SMARCAL1Q9NZC9 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
SMARCAL1Q9NZC9 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SMARCAL1Q9NZC9 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SMARCAL1Q9NZC9 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SMARCAL1Q9NZC9 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SMARCAL1Q9NZC9 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SMARCAL1Q9NZC9 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
SMARCAL1Q9NZC9 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SMARCAL1Q9NZC9 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SMARCAL1Q9NZC9 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SMARCAL1Q9NZC9 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SMARCAL1Q9NZC9 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SMARCAL1Q9NZC9 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
SMARCAL1Q9NZC9 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
SMARCAL1Q9NZC9 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC26.14■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
SMARCAL1Q9NZC9 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SMARCAL1Q9NZC9 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SMARCAL1Q9NZC9 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SMARCAL1Q9NZC9 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SMARCAL1Q9NZC9 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SMARCAL1Q9NZC9 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SMARCAL1Q9NZC9 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SMARCAL1Q9NZC9 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SMARCAL1Q9NZC9 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SMARCAL1Q9NZC9 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SMARCAL1Q9NZC9 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
SMARCAL1Q9NZC9 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SMARCAL1Q9NZC9 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMARCAL1Q9NZC9 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMARCAL1Q9NZC9 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMARCAL1Q9NZC9 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMARCAL1Q9NZC9 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
SMARCAL1Q9NZC9 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMARCAL1Q9NZC9 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMARCAL1Q9NZC9 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMARCAL1Q9NZC9 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMARCAL1Q9NZC9 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
SMARCAL1Q9NZC9 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SMARCAL1Q9NZC9 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
SMARCAL1Q9NZC9 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SMARCAL1Q9NZC9 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMARCAL1Q9NZC9 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SMARCAL1Q9NZC9 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SMARCAL1Q9NZC9 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
SMARCAL1Q9NZC9 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms