Protein–RNA interactions for Protein: Q9H611

PIF1, ATP-dependent DNA helicase PIF1, humanhuman

Predictions only

Length 641 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PIF1Q9H611 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
PIF1Q9H611 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PIF1Q9H611 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
PIF1Q9H611 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
PIF1Q9H611 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
PIF1Q9H611 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PIF1Q9H611 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PIF1Q9H611 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PIF1Q9H611 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PIF1Q9H611 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PIF1Q9H611 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PIF1Q9H611 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PIF1Q9H611 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
PIF1Q9H611 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
PIF1Q9H611 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms