Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC42Q96M95 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC42Q96M95 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC42Q96M95 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC42Q96M95 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC42Q96M95 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC42Q96M95 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC42Q96M95 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC42Q96M95 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC42Q96M95 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC42Q96M95 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC42Q96M95 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC42Q96M95 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC42Q96M95 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC42Q96M95 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC42Q96M95 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC42Q96M95 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC42Q96M95 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC42Q96M95 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC42Q96M95 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC42Q96M95 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC42Q96M95 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC42Q96M95 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
CCDC42Q96M95 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC42Q96M95 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC42Q96M95 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC42Q96M95 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC42Q96M95 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC42Q96M95 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC42Q96M95 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC42Q96M95 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC42Q96M95 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC42Q96M95 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC42Q96M95 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC42Q96M95 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC42Q96M95 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC42Q96M95 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC42Q96M95 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC42Q96M95 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC42Q96M95 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
CCDC42Q96M95 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC42Q96M95 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC42Q96M95 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC42Q96M95 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC42Q96M95 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC42Q96M95 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC42Q96M95 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC42Q96M95 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC42Q96M95 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CCDC42Q96M95 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
CCDC42Q96M95 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC42Q96M95 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC42Q96M95 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC42Q96M95 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CCDC42Q96M95 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC42Q96M95 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC42Q96M95 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC42Q96M95 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
CCDC42Q96M95 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC42Q96M95 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC42Q96M95 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC42Q96M95 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC42Q96M95 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
CCDC42Q96M95 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CCDC42Q96M95 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59 ms