Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS39Q96JC1 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
VPS39Q96JC1 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS39Q96JC1 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS39Q96JC1 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS39Q96JC1 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS39Q96JC1 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS39Q96JC1 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS39Q96JC1 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS39Q96JC1 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS39Q96JC1 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS39Q96JC1 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS39Q96JC1 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS39Q96JC1 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS39Q96JC1 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS39Q96JC1 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS39Q96JC1 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS39Q96JC1 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS39Q96JC1 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS39Q96JC1 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS39Q96JC1 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS39Q96JC1 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS39Q96JC1 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS39Q96JC1 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS39Q96JC1 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS39Q96JC1 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS39Q96JC1 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS39Q96JC1 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS39Q96JC1 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS39Q96JC1 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS39Q96JC1 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS39Q96JC1 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS39Q96JC1 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS39Q96JC1 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS39Q96JC1 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
VPS39Q96JC1 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
VPS39Q96JC1 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS39Q96JC1 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 80.7 ms