Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
USP39Q53GS9 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP39Q53GS9 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP39Q53GS9 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP39Q53GS9 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP39Q53GS9 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP39Q53GS9 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP39Q53GS9 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP39Q53GS9 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP39Q53GS9 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP39Q53GS9 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP39Q53GS9 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP39Q53GS9 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP39Q53GS9 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP39Q53GS9 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP39Q53GS9 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
USP39Q53GS9 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP39Q53GS9 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP39Q53GS9 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP39Q53GS9 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
USP39Q53GS9 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP39Q53GS9 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
USP39Q53GS9 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP39Q53GS9 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
USP39Q53GS9 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
USP39Q53GS9 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP39Q53GS9 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP39Q53GS9 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP39Q53GS9 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP39Q53GS9 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP39Q53GS9 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP39Q53GS9 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP39Q53GS9 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP39Q53GS9 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP39Q53GS9 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP39Q53GS9 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP39Q53GS9 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP39Q53GS9 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP39Q53GS9 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP39Q53GS9 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP39Q53GS9 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP39Q53GS9 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP39Q53GS9 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP39Q53GS9 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP39Q53GS9 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC25.18■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms