Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
SF3A1Q15459 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SF3A1Q15459 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SF3A1Q15459 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SF3A1Q15459 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SF3A1Q15459 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SF3A1Q15459 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SF3A1Q15459 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SF3A1Q15459 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
SF3A1Q15459 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SF3A1Q15459 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SF3A1Q15459 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC28.59■■■□□ 2.17
SF3A1Q15459 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
SF3A1Q15459 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.17
SF3A1Q15459 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC28.54■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC28.52■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
SF3A1Q15459 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
SF3A1Q15459 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
SF3A1Q15459 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
SF3A1Q15459 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
SF3A1Q15459 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SF3A1Q15459 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SF3A1Q15459 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SF3A1Q15459 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SF3A1Q15459 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SF3A1Q15459 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
SF3A1Q15459 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SF3A1Q15459 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SF3A1Q15459 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SF3A1Q15459 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SF3A1Q15459 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
SF3A1Q15459 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SF3A1Q15459 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
SF3A1Q15459 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SF3A1Q15459 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SF3A1Q15459 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SF3A1Q15459 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SF3A1Q15459 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SF3A1Q15459 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SF3A1Q15459 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SF3A1Q15459 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SF3A1Q15459 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
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