Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC19.33■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC19.27■□□□□ 0.68
HOXD3P31249 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD3P31249 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXD3P31249 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.4 ms