Protein–RNA interactions for Protein: P12004

PCNA, Proliferating cell nuclear antigen, humanhuman

Predictions only

Length 261 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCNAP12004 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
PCNAP12004 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
PCNAP12004 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
PCNAP12004 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
PCNAP12004 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
PCNAP12004 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCNAP12004 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCNAP12004 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCNAP12004 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCNAP12004 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCNAP12004 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCNAP12004 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
PCNAP12004 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
PCNAP12004 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
PCNAP12004 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
PCNAP12004 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
PCNAP12004 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
PCNAP12004 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
PCNAP12004 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
PCNAP12004 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
PCNAP12004 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
PCNAP12004 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
PCNAP12004 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
PCNAP12004 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
PCNAP12004 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
PCNAP12004 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
PCNAP12004 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
PCNAP12004 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
PCNAP12004 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
PCNAP12004 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
PCNAP12004 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
PCNAP12004 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
PCNAP12004 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC24.08■■□□□ 1.44
PCNAP12004 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
PCNAP12004 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
PCNAP12004 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
PCNAP12004 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
PCNAP12004 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
PCNAP12004 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
PCNAP12004 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
PCNAP12004 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
PCNAP12004 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
PCNAP12004 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
PCNAP12004 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
PCNAP12004 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
PCNAP12004 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
PCNAP12004 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
PCNAP12004 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
PCNAP12004 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
PCNAP12004 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
PCNAP12004 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
PCNAP12004 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
PCNAP12004 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
PCNAP12004 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
PCNAP12004 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
PCNAP12004 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
PCNAP12004 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
PCNAP12004 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
PCNAP12004 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
PCNAP12004 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
PCNAP12004 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
PCNAP12004 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
PCNAP12004 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
PCNAP12004 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
PCNAP12004 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
PCNAP12004 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
PCNAP12004 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
PCNAP12004 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
PCNAP12004 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PCNAP12004 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
PCNAP12004 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PCNAP12004 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PCNAP12004 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PCNAP12004 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
PCNAP12004 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
PCNAP12004 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
PCNAP12004 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
PCNAP12004 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
PCNAP12004 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC23.98■■□□□ 1.43
PCNAP12004 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
PCNAP12004 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
PCNAP12004 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
PCNAP12004 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
PCNAP12004 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
PCNAP12004 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
PCNAP12004 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
PCNAP12004 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
PCNAP12004 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
PCNAP12004 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
PCNAP12004 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
PCNAP12004 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
PCNAP12004 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
PCNAP12004 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
PCNAP12004 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
PCNAP12004 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.42
PCNAP12004 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
PCNAP12004 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
PCNAP12004 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
PCNAP12004 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
PCNAP12004 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 110.8 ms