Protein–RNA interactions for Protein: H3BSU7

TMX2-CTNND1, TMX2-CTNND1 readthrough (NMD candidate), humanhuman

Predictions only

Length 103 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TMX2-CTNND1H3BSU7 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TMX2-CTNND1H3BSU7 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TMX2-CTNND1H3BSU7 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
TMX2-CTNND1H3BSU7 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TMX2-CTNND1H3BSU7 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TMX2-CTNND1H3BSU7 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TMX2-CTNND1H3BSU7 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TMX2-CTNND1H3BSU7 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TMX2-CTNND1H3BSU7 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TMX2-CTNND1H3BSU7 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TMX2-CTNND1H3BSU7 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TMX2-CTNND1H3BSU7 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
TMX2-CTNND1H3BSU7 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
TMX2-CTNND1H3BSU7 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TMX2-CTNND1H3BSU7 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TMX2-CTNND1H3BSU7 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TMX2-CTNND1H3BSU7 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TMX2-CTNND1H3BSU7 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
TMX2-CTNND1H3BSU7 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TMX2-CTNND1H3BSU7 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
TMX2-CTNND1H3BSU7 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TMX2-CTNND1H3BSU7 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TMX2-CTNND1H3BSU7 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TMX2-CTNND1H3BSU7 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TMX2-CTNND1H3BSU7 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TMX2-CTNND1H3BSU7 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TMX2-CTNND1H3BSU7 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TMX2-CTNND1H3BSU7 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.3 ms