Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 CR381653.1-203ENST00000625153 577 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 AC091182.1-202ENST00000518765 713 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.93■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC24.92■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 EEF1D-238ENST00000531621 840 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC24.92■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 RMDN1-202ENST00000430676 1106 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC24.91■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 AP002414.3-201ENST00000589352 1468 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 BEX3-201ENST00000361298 921 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
NPHP3Q7Z494 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.3 ms