Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 DIXDC1-208ENST00000615255 4825 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 VPS51-201ENST00000279281 2714 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 PPP2R5B-201ENST00000164133 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 ZNF623-201ENST00000458270 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 LINC01215-201ENST00000607746 2592 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 OLIG2-201ENST00000333337 3262 ntAPPRIS P1 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 PDS5A-201ENST00000303538 7176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 CSTB-204ENST00000640406 2354 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 TP73-208ENST00000378295 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 ZNF324-203ENST00000536459 5653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 GRIA4-203ENST00000393127 5621 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 H2AFV-201ENST00000222690 3804 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SCN1BQ07699 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms