Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CLYBL-203ENST00000376355 6771 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 MED17-201ENST00000251871 5142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 MARCH1-203ENST00000503008 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 PIK3R2-201ENST00000222254 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
KLHL28Q9NXS3 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39 ms