Protein–RNA interactions for Protein: Q04844

CHRNE, Acetylcholine receptor subunit epsilon, humanhuman

Predictions only

Length 493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHRNEQ04844 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 SLC22A1-202ENST00000366963 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 KSR1-201ENST00000268763 2806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CHRNEQ04844 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms