Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 GIGYF1-201ENST00000275732 6530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 OR4D1-202ENST00000641449 4925 ntAPPRIS P1 BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 GFY-201ENST00000576655 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 CACNA1A-221ENST00000636012 7500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 GHR-201ENST00000230882 4560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 STOX1-201ENST00000298596 3377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 SCAP-201ENST00000265565 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 RAB8A-201ENST00000300935 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 GNAQ-201ENST00000286548 6539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 ADARB2-203ENST00000381312 8421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 TSPOAP1-202ENST00000343736 5947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 RTL6-201ENST00000341255 5495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 BAP1-202ENST00000460680 3937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 PRR18-201ENST00000322583 3084 ntAPPRIS P2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 NAA50-201ENST00000240922 6135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
DDX28Q9NUL7 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.3
DDX28Q9NUL7 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
DDX28Q9NUL7 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.3
DDX28Q9NUL7 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
DDX28Q9NUL7 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.3
DDX28Q9NUL7 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
DDX28Q9NUL7 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
DDX28Q9NUL7 PAM-206ENST00000438793 5432 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
DDX28Q9NUL7 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
DDX28Q9NUL7 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
DDX28Q9NUL7 PCNX3-201ENST00000355703 7105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
DDX28Q9NUL7 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
DDX28Q9NUL7 ZC3H7B-201ENST00000352645 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
DDX28Q9NUL7 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
DDX28Q9NUL7 LMBR1-202ENST00000359422 4727 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
DDX28Q9NUL7 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms