Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
MSX1P28360 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
MSX1P28360 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
MSX1P28360 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
MSX1P28360 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.3
MSX1P28360 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
MSX1P28360 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
MSX1P28360 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
MSX1P28360 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.3
MSX1P28360 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
MSX1P28360 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
MSX1P28360 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.3
MSX1P28360 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
MSX1P28360 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
MSX1P28360 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms