Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC22.2■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 MSANTD3-201ENST00000374885 786 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.9 ms