Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF28-214ENST00000545377 6351 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 PHF12-205ENST00000577226 7679 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 HEBP2-204ENST00000607197 10014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 MRC2-201ENST00000303375 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms