Protein–RNA interactions for Protein: P22415

USF1, Upstream stimulatory factor 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF1P22415 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF1P22415 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF1P22415 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF1P22415 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF1P22415 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
USF1P22415 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 ITGB4-201ENST00000200181 5919 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 FOXO3-202ENST00000406360 7341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF1P22415 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF1P22415 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF1P22415 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF1P22415 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF1P22415 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF1P22415 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF1P22415 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF1P22415 WNK1-206ENST00000535572 9886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF1P22415 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF1P22415 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
USF1P22415 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF1P22415 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF1P22415 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
USF1P22415 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF1P22415 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF1P22415 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF1P22415 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF1P22415 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF1P22415 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF1P22415 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF1P22415 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF1P22415 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF1P22415 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF1P22415 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF1P22415 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF1P22415 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
USF1P22415 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
USF1P22415 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
USF1P22415 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.8 ms