Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC20.33■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC20.33■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC20.33■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LIMA1Q9UHB6 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.8 ms