Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 RALGAPA1-219ENST00000637992 8512 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 NMRK1-203ENST00000376811 2050 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 ISLR2-201ENST00000361742 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC39Q9UFE4 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.1 ms