Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 C12orf76-202ENST00000546627 461 ntTSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL18A1P39060 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms