Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.1
HOXD3P31249 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.4□□□□□ -0.1
HOXD3P31249 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC14.4□□□□□ -0.1
HOXD3P31249 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.1
HOXD3P31249 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.1
HOXD3P31249 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.1
HOXD3P31249 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.4□□□□□ -0.1
HOXD3P31249 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.1
HOXD3P31249 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.4□□□□□ -0.1
HOXD3P31249 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.1
HOXD3P31249 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.4□□□□□ -0.1
HOXD3P31249 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC14.4□□□□□ -0.1
HOXD3P31249 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.39□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 JAG1-201ENST00000254958 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.11
HOXD3P31249 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms