Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 PPP2R5B-201ENST00000164133 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 FBXL16-202ENST00000397621 3547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 ARHGAP27-214ENST00000532891 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 CAMK2B-204ENST00000350811 2292 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
BRPF3Q9ULD4 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms