Protein–RNA interactions for Protein: Q8IWP9

CCDC28A, Coiled-coil domain-containing protein 28A, humanhuman

Predictions only

Length 274 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28AQ8IWP9 PAPD5-202ENST00000436909 4635 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 STK17A-201ENST00000319357 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 TBC1D10B-201ENST00000409939 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 KDM4B-203ENST00000536461 5027 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 IRX6-201ENST00000290552 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 CADPS2-204ENST00000412584 4308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 NBEA-201ENST00000310336 10794 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 NBEA-208ENST00000629018 10791 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 CHAT-201ENST00000337653 2458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 EPN1-203ENST00000411543 2621 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 CACNB3-201ENST00000301050 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 FDFT1-224ENST00000618539 2660 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 LINC02199-201ENST00000506655 2702 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 SYT6-205ENST00000609117 4424 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 FBXO28-201ENST00000366862 5451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 RPL3L-201ENST00000268661 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 FAM83G-202ENST00000388995 5266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 MAPK8IP2-202ENST00000329492 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 TRIM46-203ENST00000368383 2666 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 TK2-207ENST00000544898 3441 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 SLCO5A1-201ENST00000260126 9076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 ASCC3-207ENST00000522650 2828 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 TUBGCP2-202ENST00000368562 2685 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 TMEM57-202ENST00000399766 3294 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 PACS2-202ENST00000430725 2944 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CCDC28AQ8IWP9 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 APBA2-207ENST00000558402 4031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 PRPF31-203ENST00000419967 2269 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 MRTO4-201ENST00000330263 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 AQP1-201ENST00000311813 2913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 ARL4C-202ENST00000390645 4013 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 KIAA1211-203ENST00000504228 4628 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 NAP1L4-222ENST00000620138 2479 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 CNTNAP3B-201ENST00000276974 3240 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 MYLK2-201ENST00000375985 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 RBFOX1-212ENST00000550418 4775 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 RGS7-203ENST00000366564 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 AC007728.2-201ENST00000563315 2296 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 MON2-203ENST00000546600 6130 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 SCLT1-208ENST00000506368 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC28AQ8IWP9 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms