Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 UBN1-201ENST00000262376 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC22.52■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms