Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
MSX1P28360 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
MSX1P28360 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
MSX1P28360 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
MSX1P28360 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
MSX1P28360 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
MSX1P28360 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
MSX1P28360 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
MSX1P28360 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
MSX1P28360 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
MSX1P28360 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
MSX1P28360 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
MSX1P28360 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.3 ms