Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 WDR20-213ENST00000557485 491 ntTSL 320.74■□□□□ 0.913e-7■■■■■ 137
SF3B1O75533 WDR20-209ENST00000556094 785 ntTSL 319.79■□□□□ 0.763e-7■■■■■ 137
SF3B1O75533 WDR20-211ENST00000556807 2382 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.313e-7■■■■■ 137
SF3B1O75533 WDR20-205ENST00000424963 2695 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.113e-7■■■■■ 137
SF3B1O75533 WDR20-202ENST00000322340 3060 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.093e-7■■■■■ 137
SF3B1O75533 WDR20-203ENST00000335263 2616 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.083e-7■■■■■ 137
SF3B1O75533 WDR20-210ENST00000556511 2117 ntTSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.573e-7■■■■■ 137
SF3B1O75533 WDR20-204ENST00000342702 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.34□□□□□ -0.593e-7■■■■■ 137
SF3B1O75533 WDR20-207ENST00000555879 2175 ntTSL 210.76□□□□□ -0.693e-7■■■■■ 137
SF3B1O75533 WDR20-201ENST00000299135 2198 ntTSL 1 (best) BASIC10.07□□□□□ -0.83e-7■■■■■ 137
SF3B1O75533 WDR20-206ENST00000454394 2067 ntTSL 2 BASIC9.69□□□□□ -0.863e-7■■■■■ 137
SF3B1O75533 WDR20-217ENST00000558854 532 ntTSL 23.81□□□□□ -1.83e-7■■■■■ 137
SF3B1O75533 NSFL1C-209ENST00000489203 694 ntTSL 324.03■■□□□ 1.445e-9■■■■■ 136.9
SF3B1O75533 NSFL1C-205ENST00000470376 845 ntTSL 323.69■■□□□ 1.385e-9■■■■■ 136.9
SF3B1O75533 NSFL1C-203ENST00000381653 1446 ntTSL 523.59■■□□□ 1.375e-9■■■■■ 136.9
SF3B1O75533 NSFL1C-212ENST00000555568 863 ntTSL 319.94■□□□□ 0.785e-9■■■■■ 136.9
SF3B1O75533 NSFL1C-213ENST00000555944 2588 ntTSL 218.16■□□□□ 0.55e-9■■■■■ 136.9
SF3B1O75533 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.475e-9■■■■■ 136.9
SF3B1O75533 NSFL1C-202ENST00000353088 2611 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.375e-9■■■■■ 136.9
SF3B1O75533 NSFL1C-201ENST00000216879 3568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.325e-9■■■■■ 136.9
SF3B1O75533 NSFL1C-210ENST00000553571 752 ntTSL 411.01□□□□□ -0.655e-9■■■■■ 136.9
SF3B1O75533 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.486e-7■■■■■ 136.8
SF3B1O75533 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.46e-7■■■■■ 136.8
SF3B1O75533 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.46e-7■■■■■ 136.8
SF3B1O75533 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.996e-7■■■■■ 136.8
SF3B1O75533 Z98752.3-201ENST00000621802 566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.54□□□□□ -0.886e-7■■■■■ 136.8
SF3B1O75533 SSH2-212ENST00000592397 574 ntTSL 49.12□□□□□ -0.956e-7■■■■■ 136.8
SF3B1O75533 MAP4-212ENST00000468075 487 ntTSL 516.92■□□□□ 0.38e-7■■■■■ 136.8
SF3B1O75533 EHBP1L1-205ENST00000529099 490 ntTSL 522.37■■□□□ 1.174e-7■■■■■ 136.7
SF3B1O75533 ANKS6-203ENST00000444472 2272 ntTSL 214.03□□□□□ -0.164e-7■■■■■ 136.7
SF3B1O75533 TRAPPC9-210ENST00000521667 2021 ntTSL 1 (best)19.12■□□□□ 0.652e-6■■■■■ 136.7
SF3B1O75533 SETD3-203ENST00000357563 2191 ntTSL 521.77■■□□□ 1.084e-6■■■■■ 136.6
SF3B1O75533 SETD3-206ENST00000453764 973 ntTSL 521■□□□□ 0.954e-6■■■■■ 136.6
SF3B1O75533 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.84e-6■■■■■ 136.6
SF3B1O75533 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.694e-6■■■■■ 136.6
SF3B1O75533 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.494e-6■■■■■ 136.6
SF3B1O75533 SETD3-205ENST00000446066 1754 ntTSL 513.06□□□□□ -0.324e-6■■■■■ 136.6
SF3B1O75533 SETD3-204ENST00000436070 2592 ntTSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.334e-6■■■■■ 136.6
SF3B1O75533 VPS36-207ENST00000611132 4607 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.054e-7■■■■■ 136.6
SF3B1O75533 VPS36-201ENST00000378060 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.41□□□□□ -1.064e-7■■■■■ 136.6
SF3B1O75533 GATS-204ENST00000435519 1306 ntTSL 230.64■■■□□ 2.52e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 GATS-202ENST00000414739 2007 ntTSL 1 (best)25.73■■□□□ 1.712e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 APPBP2-204ENST00000589341 1705 ntTSL 1 (best)22.55■■□□□ 1.22e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 APPBP2-205ENST00000590244 889 ntTSL 321.01■□□□□ 0.952e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 MAPKAP1-220ENST00000497932 1495 ntTSL 1 (best)20.99■□□□□ 0.952e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 APPBP2-202ENST00000585368 447 ntTSL 319.94■□□□□ 0.782e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 ASS1-208ENST00000470849 652 ntTSL 218.34■□□□□ 0.532e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.362e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 ANXA4-204ENST00000460439 543 ntTSL 414.97□□□□□ -0.012e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 ASS1-210ENST00000493984 687 ntTSL 514.9□□□□□ -0.022e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 MAPKAP1-204ENST00000373498 3131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.042e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 ANXA4-211ENST00000487351 552 ntTSL 214.33□□□□□ -0.122e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 TNIP1-213ENST00000522100 877 ntTSL 313.93□□□□□ -0.182e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 ANXA4-212ENST00000635311 1492 ntTSL 213.72□□□□□ -0.212e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 ABCA3-202ENST00000382381 6446 ntTSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.342e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 ANXA4-201ENST00000394295 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.372e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 ANXA4-205ENST00000460942 576 ntTSL 512.69□□□□□ -0.382e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 ASS1-209ENST00000492400 444 ntTSL 312.57□□□□□ -0.42e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 ABCA3-201ENST00000301732 6609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.4□□□□□ -0.422e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 APPBP2-201ENST00000083182 6478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.432e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 ABCA3-203ENST00000563623 3649 ntTSL 1 (best)12.08□□□□□ -0.482e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 GATS-206ENST00000437485 443 ntTSL 511.36□□□□□ -0.592e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 GATS-207ENST00000440058 554 ntTSL 210.99□□□□□ -0.652e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 MAPKAP1-209ENST00000420643 984 ntTSL 510.12□□□□□ -0.792e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 ANXA4-209ENST00000477632 3949 ntTSL 1 (best)8.7□□□□□ -1.022e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 WDR11-208ENST00000604509 4901 ntTSL 28.12□□□□□ -1.112e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 ANXA4-203ENST00000418066 905 ntTSL 37.02□□□□□ -1.282e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 TMEM106B-201ENST00000396667 12539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.66□□□□□ -1.662e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 APPBP2-203ENST00000588668 525 ntTSL 43.23□□□□□ -1.892e-6■■■■■ 136.5
SF3B1O75533 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.232e-22■■■■■ 136.4
SF3B1O75533 SPN-205ENST00000563039 1853 ntTSL 520.5■□□□□ 0.872e-22■■■■■ 136.4
SF3B1O75533 SPN-201ENST00000360121 6894 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.032e-22■■■■■ 136.4
SF3B1O75533 SPC24-203ENST00000585567 633 ntTSL 316.96■□□□□ 0.34e-6■■■■■ 136.4
SF3B1O75533 ERI3-209ENST00000495828 972 ntTSL 324.71■■□□□ 1.558e-7■■■■■ 136.3
SF3B1O75533 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.562e-6■■■■■ 136.3
SF3B1O75533 AGPAT3-208ENST00000448287 454 ntTSL 312.98□□□□□ -0.332e-6■■■■■ 136.3
SF3B1O75533 ANKRD11-209ENST00000564553 471 ntTSL 314.96□□□□□ -0.014e-7■■■■■ 136.3
SF3B1O75533 WDR48-206ENST00000441361 949 ntTSL 524.33■■□□□ 1.484e-7■■■■■ 136.3
SF3B1O75533 TAF4-202ENST00000436129 2440 ntTSL 215.79■□□□□ 0.124e-7■■■■■ 136.3
SF3B1O75533 MIB1-201ENST00000261537 9576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.32e-6■■■■■ 136.2
SF3B1O75533 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC31.12■■■□□ 2.572e-6■■■■■ 136.2
SF3B1O75533 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.532e-6■■■■■ 136.2
SF3B1O75533 C9orf3-209ENST00000460573 443 ntTSL 524.27■■□□□ 1.483e-6■■■■■ 136.2
SF3B1O75533 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.152e-6■■■■■ 136.2
SF3B1O75533 C9orf3-217ENST00000479161 942 ntTSL 516.84■□□□□ 0.293e-6■■■■■ 136.2
SF3B1O75533 C9orf3-210ENST00000462125 961 ntTSL 314.48□□□□□ -0.093e-6■■■■■ 136.2
SF3B1O75533 SH3GL1-204ENST00000598219 619 ntTSL 38.57□□□□□ -1.042e-6■■■■■ 136.2
SF3B1O75533 MAP4-210ENST00000439356 2743 ntTSL 1 (best) BASIC8.36□□□□□ -1.077e-7■■■■■ 136.2
SF3B1O75533 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.883e-6■■■■■ 136.2
SF3B1O75533 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.623e-6■■■■■ 136.2
SF3B1O75533 GALNT10-208ENST00000520647 4359 ntTSL 218.66■□□□□ 0.583e-6■■■■■ 136.2
SF3B1O75533 TLE3-203ENST00000451782 2356 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.031e-6■■■■■ 136.1
SF3B1O75533 TLE3-213ENST00000558379 2304 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.351e-6■■■■■ 136.1
SF3B1O75533 TLE3-208ENST00000557907 2295 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.52□□□□□ -0.41e-6■■■■■ 136.1
SF3B1O75533 TRAPPC9-201ENST00000389328 4474 ntTSL 2 BASIC13.24□□□□□ -0.292e-6■■■■■ 136.1
SF3B1O75533 TRAPPC9-208ENST00000520857 3693 ntTSL 1 (best)13.16□□□□□ -0.32e-6■■■■■ 136.1
SF3B1O75533 TRAPPC9-202ENST00000438773 4297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.512e-6■■■■■ 136.1
SF3B1O75533 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.981e-7■■■■■ 135.9
SF3B1O75533 LMBR1-202ENST00000359422 4727 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.232e-6■■■■■ 135.9
SF3B1O75533 LMBR1-201ENST00000353442 7997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.232e-6■■■■■ 135.9
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1391.1 ms