Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 SEMA6D-205ENST00000389425 2318 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.3 ms