Protein–RNA interactions for Protein: Q92994

BRF1, Transcription factor IIIB 90 kDa subunit, humanhuman

Predictions only

Length 677 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRF1Q92994 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC22■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRF1Q92994 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms