Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SYNE3Q6ZMZ3 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC22■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE3Q6ZMZ3 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.2 ms