Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS54Q9P1Q0 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.5 ms