Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC20.77■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
HPS3Q969F9 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC20.75■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
HPS3Q969F9 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms