Protein–RNA interactions for Protein: O15259

NPHP1, Nephrocystin-1, humanhuman

Predictions only

Length 732 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP1O15259 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
NPHP1O15259 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
NPHP1O15259 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms