Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3T6

R3HCC1, R3H and coiled-coil domain-containing protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 440 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
R3HCC1Q9Y3T6 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC28.3■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC28.3■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.12
R3HCC1Q9Y3T6 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC28.24■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
R3HCC1Q9Y3T6 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
R3HCC1Q9Y3T6 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
R3HCC1Q9Y3T6 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
R3HCC1Q9Y3T6 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
R3HCC1Q9Y3T6 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
R3HCC1Q9Y3T6 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
R3HCC1Q9Y3T6 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
R3HCC1Q9Y3T6 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
R3HCC1Q9Y3T6 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
R3HCC1Q9Y3T6 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
R3HCC1Q9Y3T6 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
R3HCC1Q9Y3T6 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
R3HCC1Q9Y3T6 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
R3HCC1Q9Y3T6 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
R3HCC1Q9Y3T6 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
R3HCC1Q9Y3T6 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
R3HCC1Q9Y3T6 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
R3HCC1Q9Y3T6 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
R3HCC1Q9Y3T6 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
R3HCC1Q9Y3T6 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
R3HCC1Q9Y3T6 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
R3HCC1Q9Y3T6 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
R3HCC1Q9Y3T6 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
R3HCC1Q9Y3T6 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
R3HCC1Q9Y3T6 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
R3HCC1Q9Y3T6 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
R3HCC1Q9Y3T6 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
R3HCC1Q9Y3T6 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
R3HCC1Q9Y3T6 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
R3HCC1Q9Y3T6 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
R3HCC1Q9Y3T6 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
R3HCC1Q9Y3T6 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
R3HCC1Q9Y3T6 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
R3HCC1Q9Y3T6 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
R3HCC1Q9Y3T6 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
R3HCC1Q9Y3T6 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
R3HCC1Q9Y3T6 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
R3HCC1Q9Y3T6 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
R3HCC1Q9Y3T6 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
R3HCC1Q9Y3T6 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
R3HCC1Q9Y3T6 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
R3HCC1Q9Y3T6 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
R3HCC1Q9Y3T6 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
R3HCC1Q9Y3T6 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.7 ms