Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC24■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC24■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SCN3AQ9NY46 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SCN3AQ9NY46 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
SCN3AQ9NY46 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SCN3AQ9NY46 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SCN3AQ9NY46 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SCN3AQ9NY46 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
SCN3AQ9NY46 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SCN3AQ9NY46 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SCN3AQ9NY46 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SCN3AQ9NY46 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SCN3AQ9NY46 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SCN3AQ9NY46 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SCN3AQ9NY46 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SCN3AQ9NY46 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.42
SCN3AQ9NY46 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.88■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SCN3AQ9NY46 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SCN3AQ9NY46 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.39
SCN3AQ9NY46 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.1 ms