Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC32.33■■■□□ 2.77
CHMP4AQ9BY43 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC32.33■■■□□ 2.77
CHMP4AQ9BY43 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
CHMP4AQ9BY43 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC32.32■■■□□ 2.76
CHMP4AQ9BY43 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
CHMP4AQ9BY43 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC32.32■■■□□ 2.76
CHMP4AQ9BY43 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.32■■■□□ 2.76
CHMP4AQ9BY43 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC32.32■■■□□ 2.76
CHMP4AQ9BY43 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
CHMP4AQ9BY43 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
CHMP4AQ9BY43 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
CHMP4AQ9BY43 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.32■■■□□ 2.76
CHMP4AQ9BY43 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
CHMP4AQ9BY43 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
CHMP4AQ9BY43 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
CHMP4AQ9BY43 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
CHMP4AQ9BY43 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
CHMP4AQ9BY43 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
CHMP4AQ9BY43 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC32.29■■■□□ 2.76
CHMP4AQ9BY43 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC32.28■■■□□ 2.76
CHMP4AQ9BY43 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
CHMP4AQ9BY43 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
CHMP4AQ9BY43 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC32.27■■■□□ 2.76
CHMP4AQ9BY43 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
CHMP4AQ9BY43 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
CHMP4AQ9BY43 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
CHMP4AQ9BY43 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC32.26■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC32.26■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC32.26■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC32.26■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.25■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC32.25■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC32.25■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC32.25■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC32.24■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC32.23■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC32.22■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC32.22■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC32.22■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC32.2■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
CHMP4AQ9BY43 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC32.2■■■□□ 2.74
CHMP4AQ9BY43 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC32.19■■■□□ 2.74
CHMP4AQ9BY43 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC32.19■■■□□ 2.74
CHMP4AQ9BY43 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
CHMP4AQ9BY43 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC32.19■■■□□ 2.74
CHMP4AQ9BY43 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC32.19■■■□□ 2.74
CHMP4AQ9BY43 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
CHMP4AQ9BY43 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC32.17■■■□□ 2.74
CHMP4AQ9BY43 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
CHMP4AQ9BY43 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
CHMP4AQ9BY43 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
CHMP4AQ9BY43 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
CHMP4AQ9BY43 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
CHMP4AQ9BY43 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC32.16■■■□□ 2.74
CHMP4AQ9BY43 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC32.15■■■□□ 2.74
CHMP4AQ9BY43 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
CHMP4AQ9BY43 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
CHMP4AQ9BY43 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
CHMP4AQ9BY43 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
CHMP4AQ9BY43 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.15■■■□□ 2.74
CHMP4AQ9BY43 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
CHMP4AQ9BY43 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.73
CHMP4AQ9BY43 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
CHMP4AQ9BY43 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.13■■■□□ 2.73
CHMP4AQ9BY43 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
CHMP4AQ9BY43 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
CHMP4AQ9BY43 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
CHMP4AQ9BY43 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC32.11■■■□□ 2.73
CHMP4AQ9BY43 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC32.11■■■□□ 2.73
CHMP4AQ9BY43 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
CHMP4AQ9BY43 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CHMP4AQ9BY43 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CHMP4AQ9BY43 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CHMP4AQ9BY43 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC32.09■■■□□ 2.73
CHMP4AQ9BY43 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC32.09■■■□□ 2.73
CHMP4AQ9BY43 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
CHMP4AQ9BY43 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
CHMP4AQ9BY43 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
CHMP4AQ9BY43 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC32.08■■■□□ 2.73
CHMP4AQ9BY43 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
CHMP4AQ9BY43 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
CHMP4AQ9BY43 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CHMP4AQ9BY43 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC32.07■■■□□ 2.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms